С 1988 по 2003 год Никсон состояла в сожительстве с английским профессором Дэнни Мозесом и родила двух детей, дочь Саманту в 1996 году и сына Чарльза в 2002 году.

С 2004 года она состоит в отношениях с активисткой образовательного движения Кристин Маринони. Они познакомились на протестной акции, в которой участвовали родители, возмущенные уменьшением бюджета государственных школ. Некоторых участников пикета арестовали, в том числе Никсон и Маринони — так они и узнали друг друга. В 2009 году пара объявила о помолвке. В феврале 2011 года Никсон родила сына, Макса Эллингтона Никсон-Маринони. 27 мая 2012 года в штате Нью-Йорк состоялась её свадьба с Маринони[14][15].

В октябре 2006 года, Никсон был поставлен диагноз — рак молочной железы[16]. Она решила скрыть болезнь от общественности и объявила о ней лишь в апреле 2008 года[17]. После этого она стала активистом в рамках помощи женщинам, страдающим болезнью и выпустила несколько специальных документальных программ для NBC[17].

Никсон является активным сторонником демократической партии. Она ездила по стране в рамках программы по поддержке легализации однополых браков. В рамках кампании на пост мэра Нью-Йорка Никсон выступала с активной поддержкой Билла де Блазио[18].